Jumlah penduduk kota Jayapura tahun 2006 adalah 225.331 jiwa dengan laju pertumbuhan 4,10 % per tahun (2002-2005). Luas wilayah kota Jayapura 94.000 kilometer per segi atau 0,23 % dari luas seluruh daerah Provinsi Papua. Sarana dan prasarana kota meliputi pengelolaan air limbah domestik,yang terbagi menjadi dua sistem pelayanan yaitu off site system berupa IPAL dan on site system berupa tangki septik rumah tangga.